행정기본법은 행정의 원칙과 기본사항을 규정하여 행정의 민주성과 적법성을 확보하고 적정성과 효율성을 향상시킴으로써 국민의 권익 보호에 이바지함을 목적으로 제정되었다.

행정기본법에 따르면, 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 행정기본법에서 정하는 바에 따라야 하고(제5조 제1항), 행정청은 법령 등의 위반행위가 종료된 날부터 5년이 지나면 해당 위반행위에 대하여 제재처분을 할 수 없는데(제23조 제1항) 이에 해당하는 재재처분이 무엇인지에 대하여 의문이 있다.

이에 대하여는 행정기본법 제정 당시 및 제정 후 많은 논의가 있었으나, 현행 행정기본법은 제재처분의 제척기간 적용에 있어 매우 제한적인 것으로 보인다.

행정기본법 및 행정기본법 해설서 및 질의응답 사례집에서는 제재처분의 제척기간 적용에 대하여 아래와 같이 설명하고 있다.

최근 서울행정법원(2024구합51264)은 정당한 사유 없이 과제의 수행을 포기하면서 정부출연금 정산금을 반납하지 않았다는 이유로 기술혁신사업 참여제한 처분한 것에 대하여 행정기본법에 따른 제척기간 도과, 실권의 법리·신뢰보호원칙 위반, 과잉금지원칙 위반을 주장한 사건에서, 

“행정기본법 부칙(법률 제17979호, 2021. 3. 23.) 제3조, 제1조 단서에 따르면, 행정 기본법 제23조 제1항은 행정기본법 제23조의 시행일(공포 후 2년이 경과한 2023. 3. 24.) 이후 발생하는 위반행위부터 적용하는데, 이 사건에서 문제되는 위반행위(정당한 사유 없이 이 사건 과제 수행을 포기한 행위)는 2023. 3. 24. 이전에 이루어졌으므로 행정기본법 제23조 제1항이 위 위반행위에 대하여 적용된다고 볼 수 없다.

또한, 이 사건 각 처분(기술혁신사업 참여제한처분)이 행정기본법 제23조 제1항에서 위반행위 종료일부터 5년이 지나면 할 수 없도록 규정한 제재처분(인허가의 정지ㆍ 취소ㆍ철회, 등록 말소, 영업소 폐쇄와 정지를 갈음하는 과징금 부과)에 해당한다고 볼 수도 없다. 

단, 피고는 C의 이 사건 과제 수행 포기를 이유로 원고들에게 참여제한처분을 할 기회가 있었음에도 장기간 권한을 행사하지 않다가 새삼스럽게 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 실권의 법리에 반하여 위법하다고 봄이 타당하다.”고 판시 한 바 있다.